서촌은 건물들이 정렬되지 않고 여러방향으로 흩어져있는 형태로 그 사이에서 자연스럽게 생긴 공간들이 좁고 다양한 스케일의 골목길을 만들어낸다. 두번째로, 한옥을 중심으로한 주거 프로그램은 일상의 생활을 나타내고 그 사이에 위치한 갤러리와 문화 시설들은 문화적 성격을 만들어 방문의 공간을 형성한다. 이로 인해 서촌은 일상성과 문화성이 공존하는 공간이 되며, 주민들에게는 머무는 장소이면서 방문자들에게는 경험하는 장소가 된다. 마지막으로 서촌 대부분의 건물들은 1~4층 규모로 구성되어있어 이런 낮은 스카이라인은 사람의 눈높이에 맞는 친숙한 분위기와 공간감을 만든다.

이러한 서촌의 특징을 바탕으로 서촌의 공간 구조를 미술관 안에 담고자 했다. 하나의 큰 건물이 아니라 여러개의 작은 건물들을 배치하고 그 사이에 벽을 설정하여 골목과 같은 공간을 형성했다. 이 공간은 전시를 경험하는 주요 공간으로 작동한다.

공간 구성은 크게 본 미술관, 벽으로 둘러싸인 야외 전시 공간, 카페, 작가가 주거하고 있는 한옥 레지던스, 'ㄷ자'한옥 형태의 오픈 스페이스가 있다. 건물 외장은 미장으로하여 단단하고 각진 형태보다는 빛을 자연스럽게 받아드리고 창문 프레임과 문은 한옥의 목재 구조에서 가져왔으며 창이 하나의 액자처럼 작용되게 하였다. 천창은 빛을 바로 받지않고 분산되는 형태로 만들었다.

본 미술관의 구성을 관람객의 동선 순서로 보면 먼저 입구를 통해 건물 내부로 들어오면 입구 공간과 전시공간이 단차가 있어 나누어져있는데 램프를 통해 입구에서 전시관으로 이동한다. 램프 위 긴 창이 있는데 이 긴 창을 통해 자연광이 램프로 들어오면 관람객들은 빛을 경험하며 이동하면서부터 전시가 시작된다. 1층 전시관에서 관람을 한 뒤 계단을 통해 테라스로 올라오면 위에서 미술관 전체 풍경을 내려다 보며 관람경험을 하게 된다. 또한 램프 위 창을 통해 램프를 오르는 사람들의 모습을 관찰할 수 있다. 그 후 다시 계단을 통해 2층으로 올라오면 1층 전시 공간을 볼 수 있도록 오픈되어 있으며 옆 통창으로 하나의 액자처럼 미술관 전체 풍경을 관찰 할 수 있다. 그 후 엘리베이터나 계단을 통해 지하1층으로 내려가면 선큰 정원을 지나 전시 공간으로 이동하게 된다. 또한 보이는 수장고를 구성하여 완성된 작품 뿐만 아니라 전시가 만들어지는 과정을 관찰할 수 있다. 전시를 마치고 다시 야외 전시실1에 있는 계단을 통해 올라오게 된다. 그 후 1층 골목 공간과 야외 전시를 경험하면서 전시실5 와 한옥의 창을 통해 지하와 연결된 모습을 볼 수 있다.